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Analyse du pedigree

TUFTS

L'analyse du pedigree

Dr. Carmen L. Battaglia

Certaines personnes vivent une vie entière et se demandent s'ils ont jamais apporté par leur travail une différence. L'éleveur sérieux de chiens de race ne possède pas ce problème.

Nota : aide pour la lecture de la suite :

On appelle phénotype l'ensemble des traits observables (caractères anatomiques, morphologiques, moléculaires, physiologiques, éthologiques) caractérisant un être vivant donné (ex: couleur des yeux, des cheveux, phénylcétonurie...).

Le génotype est l'ensemble ou une partie donnée de la composition génétique (information génétique) d'un individu (Johannsen, 1909). Le génotype d'un individu est donc la composition allèlique de tous les gènes d'un individu. (Source : Wikipedia)

Introduction

Le terme pedigree est un vieux mot qui est dérivé du français "pied de grue". Le pedigree est utilisé pour la première fois dans l'élevage de bovins et autres animaux domestiques. Aujourd'hui, après plus de six siècles, la pratique de l'utiliser comme un outil principal de sélection se poursuit. Au fil des ans, les éleveurs ont appris que certaines des plus importantes utilisations d'un pedigree étaient d'identifier les chiens qui ont été les porteurs de ceux sur lesquels l'on pouvait compter pour faire une amélioration dans la race. Ainsi, lorsque la fréquence d'un trait ou d'une maladie a eu lieu avec régularité parmi les ancêtres, il a servi comme un signal que quelque chose est susceptible d'être héréditaire.

Lorsque les éleveurs ont commencé à analyser leurs pedigrees, deux problèmes les ont conduit à hésiter lors de la sélection des chiens et des études des portées des chiennes. La première est l'incertitude des éventuels problèmes de santé, la deuxième est la nécessité quant aux informations manquantes. Certains ignorent les deux, ce qui explique pourquoi ils ont continué à produire des chiots atteints, ainsi que d'autres qui étaient de mauvaise qualité avec des caractères nerveux.

Chaque fois que se produit un élevage, il doit être considéré comme un "test de sélection" dans l'intérêt des études en bon propriétaire de chien. À cet égard, de nombreux élevages qui utilisent des animaux ne sont pas liés. Ces élevages promouvoient seulement une plus grande hétérozygotie, et, en général, plus de variations dans les caractéristiques qui se produisent dans les portées. Ceux-ci sont appelés "outcrosses" (en dehors de la lignée) et amènent de nouveaux gènes et les traits que le cheptel reproducteur ne possède pas. Dans le même temps, chaque élevage "outcroos" a tendance à masquer l'expression de gènes récessifs.

L'élevage "Inbreeding", dans une même lignée, concentre les gènes d'un ancêtre ou de plusieurs ancêtres. Ces élevages exigent une sélection rigoureuse des seconds parce que des personnes liées sont susceptibles d'avoir des gènes semblables les uns aux autres. La consanguinité augmente de manière significative l'homozygotie et augmente donc les chances d'assurer l'uniformité dans les portées. La consanguinité peut être bénéfique et préjudiciable mais elle ne changera pas ou ne créera pas de nouveaux gènes ou des gènes indésirables. Elle ne dénonce que ceux transportés par le père et la mère par homozygotie.

Parfois des éleveurs se préoccupent de coefficients de consanguinité qui sont des estimations du pourcentage de toutes les variables paires de gènes communs aux ancêtres et se fonde sur plusieurs générations d'ancêtres. Bell a indiqué que la consanguinité dans le cinquième et les générations futures peuvent avoir un effet profond sur la structure génétique de la descendance. La différence entre les coefficients de consanguinité dans un contre quatre sur un pedigree à huit génération peuvent être très différents. Par exemple, un unique pedigree quatre-génération contenant 28 ancêtres pour 30 postes dans le pedigree pourrait générer un faible coefficient de consanguinité, tandis que huit générations de la même race, des ancêtres unique de 212 à 510 positions possibles, pourraient avoir un coefficient de consanguinité considérablement plus élevé. Ce qui apparaîtra avec un ou l'autre dans une ou deux générations peut être considéré comme un "linebreed" : une concentration de gènes d'ancêtres influents dans de longues générations.

De nombreux éleveurs plannifient les accouplements uniquement sur l'aspect des père et mère. Ces élevages sont appelés élevages de "type" qui ne font rien d'autre que accouplements "like to like" (qui se ressemblent). Bien que les deux individus en deux généalogies (père et mère) puissent avoir des caractéristiques souhaitables, ils héritent différemment. Cela est particulièrement vrai pour les traits polygéniques , tels que la position des oreille, la gueule ou la longueur des avant-bras. Sélectionner deux phénotypiques similaires, mais sans les génotypes des individus ne se ressemblent ne permet pas nécessairement de reproduire ces caractéristiques. Inversement, deux personnes avec le même pedigree (littermates) ne seront pas nécessairement semblables en apparence ou ne se reproduiront pas aussi bien. Par conséquent, les choix de mariage devraient être fondés sur la combinaison de l'apparence et l'analyse généalogique.

Certains éleveurs se soucient de la diversité génétique quand ils font des mariages dans une lignée. La recherche en génétique moléculaire montre que dans de nombreuses races il ya plus de diversité (hétérozygotie) présente que les éleveurs pourraient le réaliser. Beaucoup de gens pensent que la consanguinité sur une lignée causera la perte de gènes d'une race génétique. Ce n'est pas le cas. La perte se fait par sélection, c'est-à-dire par l'utilisation ou la non-utilisation de certains individus. Quelle que soit la popularité d'un chien reproducteur, si un grand nombre d'éleveurs commencent à utiliser le même géniteur (le syndrome du père populaire) le patrimoine génétique dérive dans la direction de cet individu et il y aura une perte de la diversité génétique.

Ceux qui ne collectent pas et ne codent pas les informations sur leurs pedigrees sur les ancêtres et leurs reproductrices sont généralement contraints de compter sur un élevage de "type". En d'autres termes, ils sélectionnent les pères et les mères sur la base de leur apparence plutôt que sur les caractéristiques observées dans leur progéniture ou la relation qui existe entre eux. Une sélection répétée basée sur le type signifie simplement une sélection de l'élevage des champions entre eux. Dans la pratique, ces élevages ne parviennent pas à tirer parti de ce que la science de la génétique nous a appris sur l'héritage. Étudier un pedigree de ses moyens génotypes en focalisant l'attention sur l'apparition des caractères parmi les ancêtres et leurs descendances. Développer un programme de reproduction correspond à savoir quels pedigrees utiliser sur la base des informations recueillies sur chaque ancêtre.

Si vous n'êtes pas content de ce que vous produisez, sélectionner un chien moins lié ou non immédiatement lié crée une situation qui apporte de nouvelles caractéristiques. Répéter la sélection hors lignée dans l'espoir que la dilution soit préjudiciable aux gènes récessifs n'est pas une méthode souhaitable parce que les gènes récessifs ne peuvent pas être dilué. Ils sont présents ou non. Si un individu est appelé un porteur ou un porteur de haut risque, il devrait être retiré du programme d'amélioration et remplacé par une progéniture de qualité si elle existe. Cette descendance peut être utilisée comme un remplacement pour un de ses parents dans le but de perdre quelques-uns des gènes défectueux. Cette approche de gestion des porteurs est appelé "pépinière".

Chercher les génotypes

Les chercheurs et les éleveurs utilisent souvent les termes phénotype et le génotype. Le phénotype se réfère aux caractéristiques que l'on peut voir, c'est l'aspect extérieur. Par conséquent, un chien que l'on observe être noir (le phénotype) peut ou ne peut pas produire seulement des chiots noirs. Il pourrait avoir une structure génétique (génotype) qui comprend les gènes pour les autres couleurs. Tant que les génotypes ne pourront être considérés directement, des méthodes indirectes doivent être utilisées pour apprendre à leur sujet. Les méthodes indirectes ne sont pas des estimations ou des jeux de devinettes.

Deux méthodes de base sont utiles lors de l'analyse des généalogies. La première est appelée la profondeur de pedigree ce qui veut dire que l'accent sera mis sur les ancêtres à chaque génération, généralement ceux des trois à cinq premières générations. Quand un trait ou une maladie se produit entre ces ancêtres, il sert comme un signal que le trait ou la maladie est susceptible d'être héréditaire. La deuxième méthode est appelée largeur de pedigree, ce qui signifie que la descendance de chaque ancêtre sera inclue dans l'analyse de la généalogie. La descendance sert d'indicateur des caractéristiques ou de maladies dans leur pedigree. C'est parce qu'ils partagent les mêmes parents et la même génétique. Les deux méthodes aident les éleveurs à reproduire par la sélection plutôt que par hasard.

Pedigrees

Au fil des années, trois types de pedigrees ont vu le jour pour les éleveurs, chacun avec son propre but. Le premier et le plus populaire est appelé pedigree traditionnel généalogique. Il est le plus ancien des pedigrees, mais comme un outil de sélection, il a de nombreuses lacunes, la plus importante qui est l'importance qu'il attache à la mémoire et au savoir des noms et titres des ancêtres qui ne sont pas héréditaires. Historiquement, les éleveurs ont dû compter sur leur capacité à reconnaître et associer les noms et les titres avec les traits et les caractéristiques de chaque ancêtre. Cette approche, toutefois, manque de fiabilité, et il n'a pas pratique pour saisir les informations nécessaires à un plan de la reproduction.Un autre problème lié au pedigree traditionnel est dans l'évaluation des lignées. Lorsque quelque chose fonctionne, le crédit pourrait être accordé à la généalogie et à l'élevage. Mais quand il n'a pas, il n'y en a aucune trace de la source des informations qui doivent être examinées. La principale critique de ce pedigree est qu'il ne se prête pas au reccueil des renseignements voulus de façon suffisamment détaillée pour être utile à un plan de la reproduction. Un examen de la façon dont les pedigrees traditionnels sont utilisés montre que des notes griffonnées sur les bords et dans les marges servent généralement à l'éleveur comme système de dossiers. Des mots tels que «belle robe», «merveilleux type», un titre ou le nom d'une célèbre descendance servent d'enregistrement aux éleveurs qui l'utilisent. Cette approche ne parvient pas à recueillir ce qui est pertinent ou spécifique pour apporter des améliorations. En bref, cette race ne prévoit pas une façon d'apprendre de ses erreurs.

Figure 1 - Pedigree traditionnel
pedigre traditionnel

Les avantages d'utiliser les pedigree traditionnels(Figure 1) sont qu'il est facile à lire et nécessite peu de formation. Malheureusement, il n'affiche pas d'informations sur les porteurs, les ancêtres sains ou atteints, il n'indique pas non plus clairement quels ancêtre (s) sont souhaitables et indésirables. Comme outil de sélection, il oblige les éleveurs à se fonder sur des informations non-héréditaire telles que les titres, certificats, documents prix etc Son utilisation optimale se produit quand un chiot est vendu. L'obtenteur peut montrer à l'acheteur tous les champions et ancêtres "célèbres" dans le pedigree.

Charte de couleur pour une analyse type "Stick dog pedigree" (collage)

Le second pedigree est appelé "Stick Dog Pedigree". Il a été développé pour mettre l'accent sur les traits de conformation qui sont décrits dans standard de la race. La couleur du Stick Dog Pedigree est appelée bâton en utilisant les chiffres plutôt que des noms et des titres. La logique que sous-tend ce pedigree est de dessiner chaque ancêtre comme une image bâton d'informations codées.

Coder les caractéristiques

Chaque figure bâton est tracée avec sept pièces de structure : oreilles, tête, cou, membres avants, membres arrières, arrière main et queue. Chacun de ces traits de conformation est de couleur pour sa qualité ou le manque de qualité basée sur la race standard.

Code couleur

En plus de classement en fonction des qualités en utilisant les codes couleurs, des notes sont ajoutées pour clarifier les codes de couleur.

L'utilisation de couleurs pour coder les traits

Rubans

Codes

Classement pour la qualité

Bleu

Bleu

Première qualité fondée sur le standard de la race

Rouge

Rouge

Seconde qualité fondée sur le standard de la race

Jaune

Jaune

Troisième qualité fondée sur le standard de la race

Blanc

Noir

Quatrième place en terme de qualité par rapport au standard de la race

 

Cercle

Information manquante

Les règles de codage de la qualité d'un trait ou l'absence de celle-ci, sont simples. Quand un caractère est codé avec une couleur de première place (bleu), il est considéré comme correct ou idéal en regard du standard de la race. Par exemple, si les oreilles sur un père ont été codées en bleu et que celles sur la femelle ont été codées noir, l'éleveur saura que le père a des oreilles correctes, mais les oreilles sur la mère ne sont pas correctes et manquent d'une certaine façon. Ainsi, le code couleur de chaque trait pour leur qualité identifie l'emplacement d'une force ou une faiblesse. le "Stick dog pedigree" montre les tendances et les problèmes et que cela se produise sur le pedigree du côté du père ou de la mère.

Figure 2 - Stick Dog Pedigree
Figure 2 - Stick Dog Pedigree

Notez que la chienne "A" a un avantde quatrième classe comme son père, grand-père, et sa grand-mère sur sa mère. Ainsi, en seulement les deux premières générations, trois des six ancêtres, ou 50% de ses ancêtres, ont toutes le même avant de quatrième place. Cela donne à penser qu'elle hérite légitimement de son avant défectueux de ses ancêtres. Il convient également de noter que les avants de faible qualité lui viennent des deux côtés de son pedigree. Ceci est utile lorsque vous recherchez des informations pour avoir à produire le bon chien.

Pedigree à symboles

Le troisième type est appelé pedigree des symboles généalogique. Il tire son nom du fait que les symboles sont préférés aux noms sont utilisés pour identifier chaque ancêtre et son sexe. Ce pedigree est différent du pedigree traditionnel et du pedigree à chien-bâton & cde couleur en ce sens que son but est de suivre et d'analyser la santé, la performance et d'autres caractéristiques d'intérêt. Le pedigree à symboles repose sur la logique selon laquelle une filiation peut être comprise par l'apprentissage sur les traits et les caractéristiques observées parmi les enfants de chaque ancêtre.

Code

Le pedigree à symboles est un outil puissant en raison de la quantité d'informations qui peuvent être recueillies et codées sur chaque ancêtre. Contrairement aux chiens-bâtons en couleur, ce pedigree utilise deux symboles. Les carrés sont utilisés pour représenter les mâles et les cercles sont utilisés pour représenter les femelles. De cette façon,le descendant pour chaque ancêtre peut être représenté soit comme un cercle ou un carré. Comme l'information est recueillie sur chaque ancêtre et leur descendance, elle est codée en utilisant des couleurs désignées qui représentent de manière spécifique les traits ou les maladies. Parce que les éleveurs sont intéressés par de nombreux traits et les maladies, ils vont utiliser plusieurs couleurs pour coder ce pedigree. Mots et expressions clés sont également ajoutés pour clarifier et expliquer plus en détail les caractéristiques, les conditions, les résultats des tests etc pour chaque ancêtre. La répétition d'une couleur, mot-clé ou une expression est généralement un signe qu'une tendance génétique ou un modèle peut être présent. Quand un individu est confirmé comme porteur d'un trait ou d'une maladie, son symbole est codé en utilisant un point de la même couleur qui a été utilisée pour coder la présence de ce trait ou d'une maladie. Le codage des pedigrees à symboles avec des informaitons de test d'ADN peut fournir avec une exactitude point à point sur l'état de santé de chaque individu.

Figure 3 - Pedigree à symboles
Figure 3 - The Symbols Pedigree

Notez sur la figure 3, que le père de la portée a trois sœurs et un frère et que la mère avait quatre frères et deux sœurs. Ce pedigree montre également une portée de six petits (3-3). Cinq de ces six petits ont les dents manquantes. Dans ces cinq génération de pedigree, l'éleveur a codé les ancêtres qui ont les dents manquantes. La couleur noire est utilisée pour coder ceux à qui iml manque les prémolaires. En identifiant et en codant tous les ancêtres et descendants, l'éleveur saura non seulement la taille de la portée et le sexe, mais aussi ceux qui sont touchés. Notez que père "ST" a trois sœurs et un frère et que la chienne "LF" a quatre frères et deux sœurs. Notez aussi que le mariage de "ST" à "LF" produit une litière de six petits (3-3). Sachant qu'il manque les prémolaires à cinq des six chiots, ce serait une raison suffisante pour faire preuve de prudence sur les autres portées. Si l'éleveur n'a pas codé les chiens atteins et ceux normaux, il y aurait une forte probabilité que le chiot avec une dentition complète passe inaperçu comme étant un porteur probable pour les dents manquantes. Ces exemples montrent pourquoi le codage de chaque ancêtre et des portées est si important, et il montre dans quelle mesure un éleveur peut réfléchir sur le fait d'utiliser un père ou une mère ou lorsque ce genre d'informations détaillées sont disponibles sur les chiots qui ont été produits.

Une comparaison entre la qualité de l'information qui devient disponible lorsque vous utilisez le Pedigree traditionnel contre des symboles et des couleurs du Stick Dog Pedigree devraient être des preuves convaincantes que les deux derniers sont mieux pour servir la nécessité de l'éleveur qui a l'intention d'utiliser l'analyse de pedigree comme un moyen de faire des améliorations.

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